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卵菌病原菌编码RNA沉默抑制子
卵菌是真核微生物，它是植物和动物的重要病原菌。直到现在，由于缺乏致病机制的理解，与卵菌有关的病害作战一直极具挑战性。 与被病毒或细菌病原菌侵染相比，卵菌侵染需要更复杂的防御-反防御串扰系。这预计由来自卵菌基因组的数百个效应子来完成。大多数效应子具有一个保守的N末端RXLR基序，其中X代表任何氨基酸碱基，当病原菌分泌后介导病原菌进入寄主细胞。
lbh 发表于 05-03 评论 0 阅读 2632 下载 7
在Rsv1复合位点不同抗病基因对无毒力大豆花叶病毒（SMV）顺反子HC-Pro和P3的识别
在大豆PI96983中的Rsv1位点对大豆花叶病毒（SMV）菌株具有极强抗性（ER），包括SMV-N。然而，SMV-G7及其变种SMV-G7d的出现覆盖了Rsv1介导的ER。因此，在Rsv1基因型的大豆互作中，SMV-N是无毒力的，SMV-G7和SMV-G7d都是有毒力的。virSMV-G7和virSMV-G7d与Rsv1基因型大豆的互作中，分别导致致命的系统性HR和系统性花叶的表达。系统性HR可能是一个“弱激发”功能的无毒基因，或是局部HR生理生化事件诱导的一个结果。 鉴定Rsv1引发的SMV激发子的3种遗传方法有：（1）比较分析avrSMV-N和virSMV-G7的基因组（2）生成avrSMV-N衍生的嵌合体，这个嵌合体包含来自virSMV-G7或virSMV-G7d的P3序列（3）在Rsv1基因型大豆中通过实验进化方法，直接使avrSMV-N适应毒力。这些实验方法揭示了HC-Pro和P3作为Rsv1介导抗性的诱导子。 Rsv1基因型大豆对SMV的HC-Pro和P3的识别仍然是一个迷。有一种假说认为，整个多聚蛋白前体或一条多态上含有作用于SMV的激发子HC-Pro和P3，Rsv1介导的识别子直接与SMV激发子互作。然而，另一种假说认为，HC-Pro和P3与Rsv1的互作，可能类似于拟南芥基因RPM1对AvrB和AvrRpm1的识别；或者，多个抗性基因存于复杂的Rsv1位点区域内，其中一个基因识别HC-Pro，另一个基因识别P3。 本研究的目的是检验2种假说：（1）对HC-Pro和P3的识别是独立进行的；（2）Rsv1位点有分别识别HC-Pro或P3的不同抗病基因。
lbh 发表于 05-03 评论 0 阅读 2657 下载 18
在中国白菜Brassica rapa L.中新芜菁花叶病毒（TuMV）抗性基因retr02的定位和候选基因的筛选
Brassica rapa L.起源于中国，是世界上最重要的蔬菜作物之一，占有最大的种植面积和产量。然而，芜菁花叶病毒（TuMV）的爆发极大地降低其产量和质量。 TuMV是马铃薯Y病毒属唯一一个侵染芸苔属植物的一个成员，它在马铃薯Y病毒属中具有最广泛的寄主范围，侵染广泛的栽培植物物种，在芸苔属中造成了严重的经济损失。TuMV非常难以控制，因为它的寄主范围广且主要以蚜虫为媒介进行非持久性传播。化学控制对它无效，所以植物抗性成为控制这种病害的最有效方式。 分子标记技术已用来定位TuMV抗性基因，这为TuMV抗性品种甘蓝型油菜的标记辅助选择提供了一个功能强大的工具。在B. rapa和B. Napus中已有5个TuMV抗性基因和1个QTL被定位。 通过BSA方法，本文描述了在B. rapa中与TuMV抗性基因连锁的分子标记，并描述了在中国白菜中retr02基因的遗传物理作图。另外，作者介绍了候选TuMV抗性基因和来自抗感植物的序列。
lbh 发表于 05-03 评论 0 阅读 2571 下载 7
本生烟基因组序列草图促进分子植物与微生物互作研究
N. benthamiana已成为植物与微生物分子互作研究以及植物学科其它领域研究的常用模式植物之一。由于该品种对多种病毒病原菌易感，所以被病毒学家最初采用。基于该特点，利用N. benthamiana进行VIGS的早期研究以及RNA干扰的潜在机制研究。目前VIGS是在N. benthamiana中敲除基因表达的常用方法，因为该技术操作简单、效率高且周期短。利用这一技术进行免疫相关基因的高通量筛选以及植物与微生物互作特异基因的深度研究。然而，N. benthamiana基因组序列的缺乏阻碍了特异VIGS载体的构建。 N. benthamiana的叶片已经被用做瞬时表达蛋白的途径，通过工程病毒或农杆菌注射。这些方法使蛋白免疫沉淀、蛋白亚细胞位置可视化以及翻译后修饰检测。N. benthamiana也被用于在微阵列上产生大量的蛋白。总之，N. benthamiana的实验方法和它作为许多模式病原菌寄主相结合，能成为强大的工具，并逐渐把它用做模式系统。
lbh 发表于 05-03 评论 0 阅读 2688 下载 17
“天京野生稻”持久抗病水稻Pi2-1和Pi51(t)稻瘟病抗病基因的分子定位
全球最重要的粮食作物之一——水稻，正在不断接受真菌性病害稻瘟病的挑战。几乎在所有的水稻生产区均会发生稻瘟病病害，导致产率降低10%至30%。聚合不同类型R基因来发展广谱抗性的品种，在水稻稻瘟病抗性育种方面已成为急迫任务。 水稻稻瘟病的抗性主要有完全抗性和不完全抗性2种类型。完全抗性具有小种特异性，由单个显性或隐性R基因控制，能被病原体的同源无毒（Avr）基因识别。除了3号染色体外，水稻的所有染色体中超过85个主效基因已被定位。有趣的是，大多数R基因都聚集在几个基因组区域，如6号、11号、12号染色体。目前，有18个R基因已被克隆。除了Pid2，所有这些基因都属于核苷酸结合位点（NBS）富含亮氨酸重复序列（LRR）基因家族，它编码一种丝氨酸/苏氨酸激酶的跨膜蛋白。由于已克隆的基因被广泛应用在水稻生产中，导致产生可以抵抗抗性的新毒力菌株。因此，寻找新的R基因来更换这些基因很重要。
lbh 发表于 05-03 评论 0 阅读 2250 下载 11
在水稻中使用功能标记辅助选择对白叶枯病抗性基因和香气基因进行基因渗透
Basmati大米的质量在国际市场上是最理想的。例如，此种大米在烹饪过程中具有独特的芳香、米饭松软和高体积膨胀，使其口感好、易消化和长期保存。水稻的白叶枯病（BLB）是由Xanthomonas oryzaepv. oryzae (Xoo)引起的。Xoo是主要的病原菌，其在水稻生产特别是在灌溉和雨养低地的农业生产体系里产生了严重的负面影响。细菌通过伤口或气孔来侵入木质部，导致全株性感染。若欲采取经济和环境友好型的方法来控制这种疾病，那么利用宿主植物的抗性能力是唯一可靠的因素，而它们一般来自非Basmati资源。迄今为此，已发现籼稻品种比粳稻品种更容易被BLB侵染。在现有的Basmati水稻种质资源中，还没发现有BLB抗性的种质资源。
lbh 发表于 05-03 评论 0 阅读 2250 下载 15
在水稻种质资源中使用致病性检测和DNA标记分析水稻稻瘟病抗性基因Pi-z
由丝状子囊菌稻瘟菌引起的水稻稻瘟病，是一种在全球范围内威胁水稻生产的主要真菌病。稻瘟病菌的遗传抗性属于一个经典的基因对基因系统，抗性基因（R）在防止含有相应无毒基因（AVR）的稻瘟病菌小种侵染方面是有效的。抗病品种、杀菌剂、适宜种植日期、最佳施肥和充足的积水深度是控制疾病有用的途径。其中，利用R基因的方法是控制这种疾病最经济和最环保的。到目前为止，超过80种有小种特异性的稻瘟病已被发现，其中有一些已被分子克隆和标记，并用来做分子标记辅助选择（MAS）。
lbh 发表于 05-03 评论 0 阅读 1770 下载 16
系统进化树的构建与分析
此文简单介绍如何简单地构建进化树(phylogenetic trees)，中途需要进行氨基酸序列比对，用到MEGA软件。
白宇 发表于 04-29 评论 0 阅读 1865 下载 19
遗传进化树的构建和ORF（开放式阅读框）的关系
构建遗传进化树，使用蛋白序列时，并不是用cds直接翻译成蛋白序列，从而进行构建。而是，对cds进行最长的ORF（开放式阅读框）的寻找后，再运用cds里最长的ORF进行遗传进化树的构建。
白宇 发表于 04-29 评论 0 阅读 1610 下载 2